Gitlab を使う案件で、二段階認証を設定している場合は、アクセストークンの設定が必要でした。

諸事情で SSH ではなく HTTPS を使う場合の話です。

api にチェックをいれて token を作成する。

実際にcloneする時はこんな感じでした。

$ git clone https://xxxxxx
$ Username for 'https://xxxxxx': <username>
$ Password for 'https://xxxxxx': <access_token>

access_token つかってだと source tree は clone できなさそうな気がします。
方法あるのかもしれないけど。

参考エントリー